长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200 nt 的非编码RNA（ncRNA），，，，，，普遍保存于种种生物体内，，，，，，在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分解调控等众多生运气动中施展主要作用，，，，，，与动植物的生长发育，，，，，，人类的疾病爆发有着亲近关系，，，，，，也可作为疾病诊断的标记物或是主要靶点。。。。
使用高通量测序手艺举行lncRNA 测序及生物信息学剖析，，，，，，可快速准确地发明那些具有主要调控功效的lncRNA，，，，，，剖析其与特定生物学历程的关系，，，，，，深入探索lncRNA的功效及其表达调控机制。。。。包括竞争连系miRNA的ceRNA调控机制，，，，，，及对染色质结构举行一系列调控如增强子、启动子、绝缘子等。。。。
手艺优势
1. 文库优化：接纳核糖体去除和链特异性文库构建计划，，，，，，保存了完整的lncRNA和mRNA序列，，，，，，以及序列偏向性。。。。
2. 序列完整：对样本中险些所有的lncRNA和mRNA序枚举行判断和剖析。。。。
3. 物种多元：对包括人类、动植物在内的许多物种的lncRNA举行判断和剖析。。。。
4. 剖析严谨：系统网络lncRNA数据库用于判断已知lncRNA，，，，，，并设置严酷的筛选条件用于发明新lncRNA。。。。
5. 关联周全：开展lncRNA与mRNA的关联剖析，，，，，，深入剖析lncRNA调控网络。。。。
样本起始量与送样建议
|
样本类型 |
起始量 |
|
动物及临床脏器组织/脑组织等 |
>20mg |
|
动物及临床皮肤/骨/血管/脂肪组织等 |
>100mg |
|
植物叶片组织/花 |
>200mg |
|
植物根/茎/果实/种子 |
>500mg |
|
原代细胞/细胞系 |
>5×106个 |
|
中性粒细胞/嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞 |
>5×107个 |
|
外泌体样本 |
>1×108个 |
|
血清/血浆/脑脊液/枢纽积液/卵泡液 |
>2mL |
|
细胞作育上清液 |
>20mL |
|
尿液 |
>30mL |
|
总RNA |
>1μg且RIN>7.0 |
注重事项：
① 组织样本建议生涯在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相关组织生涯液中，，，，，，然后-80℃生涯或干冰寄送；；
② 细胞样本使用TRIzol等裂解液充分裂解之后，，，，，，-80℃生涯或干冰寄送
③ 越发详细的样本准备指南，，，，，，请联系在线客服
应用场景
应用场景1：启动子/增强子调控
适用规模：非线性转录调控、新顺式作用元件发明及功效判断、组织特异性启动子筛选及确定等研究
lncRNA的自身转录会滋扰其相近编码卵白的基因的转录。。。。上游lncRNA转录时，，，，，，会穿越相近靶基因的启动子区，，，，，，滋扰了转录因子与靶基因的启动子连系，，，，，，从而抑制靶基因的转录。。。。别的，，，，，，lncRNA具有增进增强子环化和激活基因表达的功效。。。。在没有成环的情形下增强子处于非活性状态。。。。
应用场景2：与卵白修饰/DNA甲基化/m6A联合
适用规模：临床医学、基础医学、植物遗传育种等研究
lncRNA加入表观调控，，，，，，可能是招募一些染色质重构复合体来介导基因默然，，，，，，尤其是一些与组卵白修饰相关的组卵白甲基转移酶的调控。。。。别的，，，，，，lncRNA还能与一些DNA甲基化和去甲基化酶连系使得基因的启动子区爆发甲基化的转变从而影响基因表达。。。。
应用场景3：ceRNA调控机制
适用规模：情形应激、临床医学、植物遗传育种、疾病早期诊断等研究
ceRNA全称competing endogenous RNA，，，，，，是一种能够竞争连系RNA的作用元件。。。。通常lncRNA和circRNA会竞争连系miRNA，，，，，，我们一样平常把lncRNA和circRNA可以称作ceRNA。。。。ceRNA调控网络全称ceRNAregulation network，，，，，，指的是有ceRNA加入的整个调控网络cascade。。。。而ceRNA剖析指的是对整个ceRNA调控网络举行剖析。。。。一样平常有circRNA-miRNA-mRNA剖析或lncRNA-miRNA-mRNA剖析。。。。
效果展示
差别样本lncRNA基因组可视化效果为了更直观的展示lncRNA candidate在染色体中漫衍情形，，，，，，我们接纳circos(ww.circos.ca)软件对筛选获得的lncRNA举行基因组mapping。。。。
主要分为两部分举行展示，，，，，，一部分凭证lncRNA的差别分类举行基因组mapping，，，，，，另一部分凭证差别样本中lncRNA举行基因组mapping。。。。作图时划分将每条染色体凭证每25mb为基本单位，，，，，，差别样本中lncRNA基因组可视化作图时统计每个区段中lncRNA的表达量绘图，，，，，，差别lncRNA类型基因组可视化时统计每个区段内lncRNA的数目绘图。。。。
1.差别基因火山图
通过绘制火山图可以相识差别表达基因的整体漫衍情形。。。。以log2 (foldchange)为横坐标，，，，，，-log10(pvalue)为纵坐标，，，，，，对差别表达剖析中所有的基因绘制火山图。。。。 其中横坐标代表基因在差别样本中差别表达倍数转变；；纵坐标代表基因表达量转变差别的统计学显著性；；up颜色代表上调的显著差别表达基因，，，，，，down颜色代表下调的显著差别表达基因，，，，，，no代表非显著性差别表达基因。。。。
2.差别基因聚类热图
差别基因聚类剖析用于判断基因在差别实验条件下调控模式的聚类模式。。。。凭证样品基因表达谱的相近水平，，，，，，将基因举行聚类剖析，，，，，，直观地展示基因在差别样品（或是差别处置惩罚）中的表达情形，，，，，，由此获取生物学相关信息。。。。为了更好的直观反应聚类表达模式，，，，，，关于非生物学重复
我们接纳log10(FPKM+1)举行展示，，，，，，关于生物学重复将差别基因FPKM通过Z值方法举行基因表达展示。。。。其中横坐标为样本，，，，，，纵坐标为基因，，，，，，差别的颜色体现差别的基因表达水平。。。。
常见问题
1.什么是长链非编码RNA？？？它们的作用有哪些？？？
哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳固转录，，，，，，卵白质编码基因仅约占1%，，，，，，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。。。。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不可翻译为卵白的功效性RNA分子。。。。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200nt的非编码RNA。。。。它们的作用主要体现在四个方面：第一，，，，，，影响周边基因的表达；；第二，，，，，，调控卵白质运动及定位；；第三，，，，，，爆发小分子RNA；；第四，，，，，，对其他RNA的调控作用。。。。
2.lncRNA测序为什么需要构建链特异性文库？？？
许多基因组区域具有正负链的转录本，，，，，，反义转录是真核基因的一个特征，，，，，，是一种主要的调控方法。。。。使用ssRNA-Seq（Strand-Specific）能够保存RNA的偏向性信息，，，，，，可以确定转录原来自正链照旧负链，，，，，，以便越发准确的获得基因的结构以及基因表达信息。。。。
3.展望lncRNA与mRNA、miRNA互作的要领？？？
1）cis调控展望，，，，，，筛选的条件只有cis location是100kb。。。。（统一条染色体上距离lncRNA100kb的mRNA，，，，，，都会被列入到cis调控的可能）
2）trans调控展望用的是RIsearch软件，，，，，，是以最小自由能小于-11来筛选碱基互补配对的lncRNA与mRNA。。。。
3）在展望lncRNA与miRNA互作的时间，，，，，， 用score罚分值来判断，，，，，，一样平常≤4就认定为可信，，，，，，数值越小越可信。。。。
