10x Genomics Visium将基因空间表达可视化,,,,,,在识别差别细胞群的同时保存空间配景,,,,,,提供了关于组织微情形中细胞功效、表型和位置关系的要害信息,,,,,,为基因表达和组织重大性研究提供了一个新视角。。。
将冰冻组织切片安排在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内,,,,,,举行HE染色和成像后,,,,,,对组织切片举行透化处置惩罚,,,,,,细胞内的mRNA释放,,,,,,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获,,,,,,并且每个探针都带有特异的地点序列,,,,,,然后以mRNA为模版举行cDNA合成,,,,,,构建文库后举行测序,,,,,,从而能够获得基因表达的位置信息。。。
Visium空间基因表达玻片信息
Visium芯片有4个捕获区域,,,,,,每个区域巨细为6.5mm *6.5mm,,,,,,每个spot直径为55um,,,,,,包括数百万个用于捕获的oligo探针序列,,,,,,相邻两个spot点的中心距离为100um。。。探针序列的结构为:测序引物连系序列,,,,,,16 nt spatial barcoded,,,,,,12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。。。
样本起始量与送样建议
组织类型 |
样本网络 |
OCT包埋冰冻组织/白片/切片 |
制备 OCT包埋冰冻组织块,,,,,,建议组织巨细为长×宽不凌驾 6.5mm×6.5mm,,,,,,高度≥5mm;;;
白片或贴片建议准备6-13 片(10μm 厚度)。。。
封装好用干冰举行寄送。。。 |
FFPE包埋组织/白片/切片 |
石蜡包埋组织封装好后,,,,,,4℃举行寄送。。。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片(5μm 厚度),,,,,,4℃举行寄送。。。 |
注重事项:详细样本准备指南,,,,,,请联系在线客服。。。
生物信息学剖析内容
