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空间转录组测序

10x Visium

10x Genomics Visium将基因空间表达可视化 ,,,,,,在识别差别细胞群的同时保存空间配景 ,,,,,,提供了关于组织微情形中细胞功效、表型和位置关系的要害信息 ,,,,,,为基因表达和组织重大性研究提供了一个新视角。。。

将冰冻组织切片安排在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内 ,,,,,,举行HE染色和成像后 ,,,,,,对组织切片举行透化处置惩罚 ,,,,,,细胞内的mRNA释放 ,,,,,,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获 ,,,,,,并且每个探针都带有特异的地点序列 ,,,,,,然后以mRNA为模版举行cDNA合成 ,,,,,,构建文库后举行测序 ,,,,,,从而能够获得基因表达的位置信息。。。
 
Visium空间基因表达玻片信息

Visium芯片有4个捕获区域 ,,,,,,每个区域巨细为6.5mm *6.5mm ,,,,,,每个spot直径为55um ,,,,,,包括数百万个用于捕获的oligo探针序列 ,,,,,,相邻两个spot点的中心距离为100um。。。探针序列的结构为:测序引物连系序列 ,,,,,,16 nt spatial barcoded ,,,,,,12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。。。
 
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样本起始量与送样建议

组织类型 样本网络
OCT包埋冰冻组织/白片/切片 制备 OCT包埋冰冻组织块 ,,,,,,建议组织巨细为长×宽不凌驾 6.5mm×6.5mm ,,,,,,高度≥5mm;;;
白片或贴片建议准备6-13 片(10μm 厚度)。。。
封装好用干冰举行寄送。。。
FFPE包埋组织/白片/切片 石蜡包埋组织封装好后 ,,,,,,4℃举行寄送。。。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片(5μm 厚度) ,,,,,,4℃举行寄送。。。
 
注重事项:详细样本准备指南 ,,,,,,请联系在线客服。。。
 
生物信息学剖析内容

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