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卵白组学

修饰卵白组

DNA转录成mRNA要再翻译成具有特定氨基酸序列的卵白质才华在体内施展功效,,,,,其中大部分卵白质往往还需要经由化学修饰才华具备真正的活性,,,,,这种修饰称为卵白质翻译后修饰 (Protein translational modifications,,,,,PTMs)。。。。。翻译修饰的历程,,,,,就是在卵白质氨基酸序列中添加特定氨基酸或改变特定化学官能团的历程,,,,,进而改变卵白质的结构。。。。。已有实验证实有三百多种潜在的PTM类型,,,,,并且统一个卵白质可能在多个位点爆发修饰,,,,,这就促成了卵白结构和功效上的多样性。。。。。

PTMs通过功效基团或卵白质的共价添加、调理亚基的卵白水解切割或整个卵白质的降解来增添卵白质组功效多样性。。。。。这些修饰险些影响正常细胞生物学和发病机制的所有方面。。。。。因此,,,,,识别和明确PTM在细胞生物学和疾病治疗和预防的研究中至关主要。。。。。
 
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图1 PTM修饰类型
 
磷酸化卵白组
磷酸化卵白组(Phosphoproteome) 指细胞、组织或生物体中所有被磷酸化修饰的卵白质及其修饰位点的荟萃。。。。。磷酸化作为最常见的卵白质翻译后修饰(PTM)之一,,,,,通过激酶催化磷酸基团毗连到卵白质的丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)或酪氨酸(Tyr)残基上,,,,,调控卵白质的活性、定位、互作及降解,,,,,在细胞信号传导、代谢调控、细胞周期、分解和疾病爆发中起焦点作用。。。。。
 
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图2 磷酸化卵白的生物学功效

应用场景
1. 细胞信号通路剖析

案例:在生长因子(如 EGF)刺激下,,,,,磷酸化卵白组学可追踪 RTK-RAS-MAPK 通路中要害激酶(如 ERK1/2)的磷酸化动态,,,,,展现信号传导的时空调控机制。。。。。
2. 疾病机制研究
癌症:磷酸化异常是肿瘤爆发的标记,,,,,如乳腺癌中 HER2 受体酪氨酸磷酸化激活 PI3K-AKT 通路,,,,,驱动细胞增殖;;;磷酸化卵白组学可判断肿瘤特异性磷酸化位点作为预后标记物。。。。。
神经退行性疾病。。。。喊⒍暮D≈ tau 卵白的太过磷酸化形成神经纤维缠结,,,,,通过磷酸化卵白组学可定位要害修饰位点(如 Ser396),,,,,为药物开发提供靶点。。。。。
3. 药物研发与精准医疗
靶点验证:激酶抑制剂(如伊马替尼)的作用机制可通过磷酸化卵白组学检测下游底物磷酸化水平的转变,,,,,评估药物疗效。。。。。
生物标记物发明:血液或体液中磷酸化卵白的异常表达可作为疾病诊断标记物,,,,,如非小细胞肺癌患者血清中磷酸化 ALK 卵白的水平与靶向治疗响应相关。。。。。

乙;;;寻鬃
乙;;;寻鬃椋ˋcetylproteome) 指细胞、组织或生物体中所有被乙;;;奘蔚穆寻字始捌湫奘挝坏愕能鲚汀。。。。乙;;;峭ü阴;;;泼福ㄈ HATs)将乙酰辅酶 A(Acetyl-CoA)的乙;;;-COCH?)转移至卵白质的赖氨酸(Lys)残基上(少数情形下涉及丝氨酸、苏氨酸等),,,,,其反向调控由去乙;;;福ㄈ HDACs)完成。。。。。
乙;;;奘斡肼寻谆钚缘骺叵该芟喙;;;大部分研究发明非组卵白乙;;;⒃诶蛋彼岵谢,,,,,这种修饰关于影响mRNA稳固,,,,,卵白定位,,,,,相互作用以及降解历程饰演主要角色。。。。。更有趣的是,,,,,这些非组卵白乙;;;胫琢霰,,,,,癌细胞增殖,,,,,免疫效应尚有关。。。。。
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图3 乙;;;寻椎纳镅Чπ

应用场景
1. 表观遗传与基因调控

在肿瘤细胞中,,,,,组卵白 H3K27 乙;;;浇档陀 Polycomb 复合体(PRC2)介导的基因默然相关,,,,,而 HDAC 抑制剂(如伏立诺他)可恢复该修饰,,,,,重新激活抑癌基因表达。。。。。
2. 代谢疾病与能量稳态
肝脏代谢:乙;;;寻鬃檠Х⒚,,,,,丙酮酸脱氢酶(PDH)的赖氨酸乙;;;种破浠钚,,,,,导致糖酵解增强,,,,,这在非酒精性脂肪肝(NAFLD)中与线粒体功效异常亲近相关。。。。。
糖尿病。。。。阂鹊核厥芴宓孜铮↖RS-1)的乙;;;梢种埔鹊核匦藕糯,,,,,增进胰岛素对抗,,,,,提醒乙;;;奘慰赡艹晌 2 型糖尿病的治疗靶点。。。。。
3. 癌症机制与靶向治疗
白血病。。。。篗LL 融合卵白通过异常乙;;;骺 HOX 基因表达,,,,,驱动白血病爆发,,,,,其相关乙;;;坏悖ㄈ H3K4)已成为表观遗传药物开发的热门。。。。。
生物标记物:血清中乙;;; α-1 - 抗胰卵白酶(AAT)的水平可作为肝癌诊断标记物,,,,,其迅速度优于古板标记物 AFP。。。。。

泛素化卵白组
泛素化卵白组(Ubiquitinome) 指细胞中所有被泛素(Ubiquitin, Ub)修饰的卵白质及其修饰位点的荟萃。。。。。泛素化是一种高度动态的翻译后修饰,,,,,通过三步酶促反应(E1-E2-E3)将泛素分子(76 个氨基酸,,,,,8.5kDa)毗连到靶卵白的赖氨酸(Lys)残基 ε- 氨基上(少数情形涉及丝氨酸、半胱氨酸等)。。。。。
 
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图4 泛素化卵白的生物学功效

应用场景
1. 卵白质质量控制与降解

囊性纤维化跨膜传导调理因子(CFTR)的过失折叠卵白被 E3 泛素毗连酶 TRIM39 泛素化,,,,,通过卵白酶体降解,,,,,其异常降解导致囊性纤维化。。。。。
2. 信号通路与细胞周期调控
DNA 损伤应答:ATM 激酶激活后,,,,,增进组卵白 H2AX 的泛素化(由 E3 酶 RNF8/RNF168 介导),,,,,招募修复卵白到损伤位点。。。。。
细胞周期:后期增进复合体(APC/C)通过泛素化降解周期卵白 B,,,,,推动细胞从 M 期进入 G1 期。。。。。
3. 疾病机制与治疗靶点
癌症:E3 毗连酶 MDM2 太过表达导致 p53 泛素化降解,,,,,增进肿瘤爆发。。。。。泛素化卵白组学发明,,,,,肺癌中 K48 泛素化修饰的抑癌基因 PTEN 水平降低,,,,,与 PI3K 通路激活相关。。。。。
神经退行性疾病。。。。阿尔茨海默病中,,,,,tau 卵白的异常泛素化形成神经原纤维缠结,,,,,其泛素化位点(如 K274)可作为潜在诊断标记物。。。。。


乳酸化卵白组
乳酸化卵白组(Lactylome) 指细胞中所有被乳酸(Lactate)修饰的卵白质及其修饰位点的荟萃。。。。。2019 年Nature报道组卵白的乳酸化修饰(Lys-lactylation),,,,,展现了糖代谢产品加入表观遗传调控的新机制。。。。。
 
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图5 乳酸化卵白的生物学功效

应用场景
1. 代谢重编程与基因表达调控

肿瘤 Warburg 效应中的作用:癌细胞糖酵解增强,,,,,胞内乳酸积累,,,,,驱动组卵白 H3K18、H4K5 乳酸化,,,,,激活原癌基因(如 c-Myc)转录。。。。。胶质母细胞瘤中,,,,,LDH-A(乳酸脱氢酶 A)高表达导致乳酸群集,,,,,增进 H3K122 乳酸化,,,,,增强缺氧诱导因子 HIF-1α 的转录活性。。。。。
免疫细胞极化调控:M1 型巨噬细胞糖酵解活跃,,,,,胞内乳酸化修饰组卵白 H3K27,,,,,抑制抗炎基因(如 IL-10)表达;;;而 M2 型巨噬细胞以氧化磷酸化为主,,,,,乳酸化水平降低。。。。。
2. 应激响应与细胞运气决议
缺氧顺应:心肌细胞缺氧时,,,,,线粒体丙酮酸转化为乳酸,,,,,触发核内 H3K9 乳酸化,,,,,抑制凋亡基因 Bax 表达,,,,,延伸细胞存活时间。。。。。
干细胞分解:胚胎干细胞向神经祖细胞分解时,,,,,糖酵解增强陪同 H3K27 乳酸化升高,,,,,增进神经爆发相关基因(如 NeuroD1)的染色质开放。。。。。
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